Ενταση στις σχέσεις με το Φανάρι, αποκαλύπτει η απόφαση του Αρχιεπισκόπου Αθηνών Ιερώνυμου να μην μεταβεί ο ίδιος, αλλά να αποστείλει αντιπροσωπεία, στη Σύναξη των Ορθοδόξων Προκαθημένων, στη Γενεύη.
Είναι η πρώτη, στην οποία δεν μετέχει ο Προκαθήμενος της Εκκλησίας της Ελλάδος, από το 1991 έως και σήμερα, οπότε και εφαρμόστηκε ο θεσμός των Συνάξεων. Η Ιερά Σύνοδος αποφάσισε να εκπροσωπηθεί η Εκκλησία της Ελλάδος από τους Μητροπολίτες Ηλείας Γερμανό, Περιστερίου Χρυσόστομο και Μεσσηνίας Χρυσόστομο.
Σύμφωνα με τις πληροφορίες, ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος, μιλώντας στην Ιερά Σύνοδο για την απόφασή του να μην μετάσχει, αναφέρθηκε στα προβλήματα που έχουν ανακύψει με το Φανάρι, επισημαίνοντας ότι «δεν είναι προσωπικά» και πως «θα πρέπει να υπάρχει σεβασμός στην Εκκλησία της Ελλάδας».
Ειδικότερα, σε ρεπορτάζ του Βήματος, ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος φέρεται ενοχλημένος από τη δραστηριότητα που εμφανίζει ο επικεφαλής της αντιπροσωπείας του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα, Μητροπολίτης Αδριανουπόλεως κ. Αμφιλόχιος.
Κατά το δημοσίευμα, ο Αρχιεπίσκοπος κατηγορεί τον άλλοτε συνεργάτη του και «συνδετικό κρίκο» μεταξύ του ιδίου και του κ.κ. Βαρθολομαίου για σειρά -όπως τις χαρακτηρίζει- εχθρικές πράξεις, όπως προσπάθειες για την αναβάθμιση του Γραφείου του Φαναρίου στην Αθήνα, λειτουργία ναού, ανακήρυξη Σταυροπηγίων και εμπλοκές στις μητροπόλεις της Βορείου Ελλάδος, οι οποίες υπάγονται πνευματικά στα Φανάρι αλλά η διοίκησή τους επιτροπικώς παραχωρήθηκε στην Εκκλησία της Ελλάδος.
Πρόκειται για μερικές από τις ενέργειες, που οι ελλαδίτες ιεράρχες αποδίδουν στον κ. Αμφιλόχιο, αλλά ο ίδιος δεν τις αποδέχεται. Ο Αρχιεπίσκοπος όμως και οι στενοί συνεργάτες του επιμένουν ότι τα προβλήματα είναι υπαρκτά και έχουν ενημερώσει το Φανάρι, από το οποίο και δεν έλαβαν καμία σχετική απάντηση.
Η απόφαση του κ. Ιερώνυμου να μην συμμετάσχει στη Σύναξη θεωρείται μείζονος σημασίας πράξη, καθώς δείχνει ότι στέλνει ένα σαφές μήνυμα ότι δεν μπορεί η στήριξη να θεωρείται δεδομένη. Επισημαίνεται ότι οι μακαριστοί Αρχιεπίσκοποι Σεραφείμ και Χριστόδουλος, αλλά και ο ίδιος ο κ. Ιερώνυμος, παρά τις κατά καιρούς δυσκολίες βρισκόταν εκεί και έδειχναν αφενός ότι η Εκκλησία της Ελλάδος είναι παρούσα, αφετέρου στήριζαν τον Οικουμενικό Πατριάρχη.
Οι Συνάξεις των Ορθοδόξων Προκαθημένων που πραγματοποιήθηκαν από το 1991 έως σήμερα, έχουν ως εξής:
-Μάρτιος 1992: Στην Κωνσταντινούπολη με την συμμετοχή του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ.
-Σεπτέμβριος 1995: Στην Πάτμο με αφορμή την συμπλήρωση 1900 ετών από την συγγραφή της Αποκάλυψης του Ιωάννου με την συμμετοχή του Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ.
-Ιανουάριος 2000: Στα Ιεροσόλυμα με αφορμή την έναρξη των εορτασμών για την συμπλήρωση 2.000 χρόνων από την Γέννηση του Χριστού. Εκ μέρους της Εκκλησίας της Ελλάδος, συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
-Δεκέμβριος 2000: Στην Νίκαια της Βιθυνίας και την Κωνσταντινούπολη για την ολοκλήρωση των εορτασμών 2000 χρόνων από την Γέννηση του Χριστού. Συμμετείχε ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
-Μάιος 2005: Στην Κωνσταντινούπολη για τα προβλήματα του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων. Συμμετείχε ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος.
-Μάρτιος 2008: Σύναξη στην Κωνσταντινούπολη. Συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος.
-Μάρτιος 2014: Στην Κωνσταντινούπολη για την σύγκληση της Αγίας και Μεγάλης Συνόδου της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Συμμετέχει ο Αρχιεπίσκοπος κ. Ιερώνυμος.
